Народився 22 січня 1974 р. у м. Сокаль (Львівська обл.). У 1998 р. закінчив юрфак Львівського державного університету імені І.Франка (зараз Львівський національний університет) за спеціальністю «правознавство».
В 1997-1998 рр. Андрій Магера в якості інтерна брав участь в освітній програмі «Помічник голови комітету Верховної Ради України», спільно організованої апаратом парламенту та Асоціацією екс-членів Конгресу США. Був обраний помічником голови комітету ВР з питань регламенту, депутатської етики та забезпечення діяльності депутатів.
Після закінчення університету Андрій Магера працював учителем англійської мови та фізичного виховання в Реклінецкій середній школі (Сокальський район Львівської обл.). Одночасно працював помічником-консультантом депутатів ВР.
2000-2001 рр. - консультант нардепа Олександра Задорожнього, голови парламентського комітету з питань правової політики, а також юрисконсульт в ТОВ «Вавін Україна» (Київ).
У жовтні 2002 р. Андрій Магера очолив групу помічників нардепа Давида Жванії.
В лютому та грудні 2004 р., а також в червні 2007 р. Андрій Магера обирався членом Центральної виборчої комісії. З червня 2007 р - заступник голови ЦВК.
24 листопада 2004 Андрій Магера в числі ще трьох з 15 членів ЦВК відмовився підписувати протокол з офіційними результатами виборів Президента України.
З 23 серпня 2005 р. - заслужений юрист України.