Родился 25 мая 1949 г. в с. Назрань Чеченской Автономной Республики (Россия). В 1972 г. окончил философский факультет Киевского университета им.Т.Шевченко по специальности «преподаватель философских дисциплин и обществоведения». Кандидат философских наук. Директор Европейского института интеграции и развития, автор и соавтор более 500 работ по философии, политологии и международным отношениям.

После окончания университета Дмитрий Выдрин работал инженером Института кибернетики Академии наук Украины (АНУ) и корреспондентом газеты «Комсомольское знамя». С 1976 г. - научный сотрудник Института философии АНУ. 1987-1991 гг. - преподаватель, завкафедрой политологии Киевского института политологии и социального управления. В сентябре 1991 г. - глава Международного института глобальной и региональной безопасности.

1994-1996 гг. - советник Президента Леонида Кучмы по вопросам внутренней политики. В 1997 г. Дмитрий Выдрин стал одним из руководителей Южноукраинского экономического союза. 2000 г. - президент медиа-корпорации "Ведомости". 2002 г. - замглавы партии «Яблоко» (глава - Михаил Бродский).

2006-2007 гг. - народный депутат от БЮТ. После ухода от Юлии Тимошенко Дмитрий Выдрин примкнул к Партии вольных демократов Михаила Бродского.

27 марта 2009 г. Президент Виктор Ющенко назначил Дмитрия Выдрина заместителем секретаря СНБО.