Володимир Семиноженко народився 9 червня 1950 р. в м. Києві. У 1972 р. закінчив фізико-технічний факультет Харківського державного університету.
В 1972-1973 рр. працював стажером-дослідником Харківського фізико-технічного інституту. В 1973-1975 рр. - молодший науковий співробітник Донецького фізико-технічного інституту. В 1975-1985 рр. - старший науковий співробітник Фізико-технічного інституту низьких температур, м. Харків. В 1985-1992 рр. був генеральним директором Всесоюзного науково-виробничого об'єднання "Монокристалреактив" в м. Харків. В 1995-2002 рр. - науковий керівник НТК «Інститут монокристалів», м. Харків. З 1993 р. - академік Національної академії наук України, член президії НАН України.
В 1994-2002 рр. - народний депутат України. В 1998-2000 рр. - очолював комітет з питань науки та освіти Верховної Ради України. У 2000-2001 рр. - член комітету з питань бюджету Верховної Ради.
В 1996-1998 рр. - очолював Міністерство у справах науки і технологій. В 1999 р. та 2001-2002 рр. був віце-премєр-міністром України з гуманітарних питань.
З 2003 р. - генеральний директор НТК «Інститут монокристалів», м. Харків. В 2003- 2005 рр. - радник Президента України, 2006-2007 рр. - радник прем'єр-міністра України. З 2006 р. - голова ради директорів міжгалузевої науково-технологічної корпорації „Нові технології та матеріали". З 2008 р. - голова спостережної ради американсько-української компанії "Інтего".
В. Семиноженко є одним із засновників та перших керівників Партії регіонів. (у 2001-2003 рр.)
11 березня 2010 р. В.Семиноженка призначено віце-прем'єр-міністром України з гуманітраних питань.