В.Ющенко провів ряд призначень в СБУ.

Президент України Віктор Ющенко своїм указом №697/2009 призначив Андрія Супруна начальником Центру спеціальних операцій боротьби з тероризмом, захисту учасників кримінального судочинства та працівників правоохоронних органів Служби безпеки України. Указом №698/2009 В.Ющенко призначив Євгена Скулишина ректором Національної академії Служби безпеки України. Указом №699/2009 Президент звільнив Юрія Артюхова з посади начальника управління Служби безпеки України у Вінницькій обл., призначивши його начальником управління СБУ у Львівській обл. указом №700/2009.