ВАТ "Херсоннафтопереробка" отримав в 2005 р. збиток в 23 млн грн. Про це повідомив журналістів генеральний директор - голова правління ВАТ Леонід Тріфонов, відповідаючи на питання РБК-Україна. За його словами, із-за збитковості переробки нафти з нинішньою глибиною в 47% заводу вигідніше стояти, чим працювати. Кожен місяць простою НПЗ обходиться в 5 млн грн збитку.
Президент нафтової компанії "Альянс-Україна" Петро Мірошников відзначив, що установки підприємства знаходяться в режимі рециркуляциі і можуть бути запущені у будь-який час, коли це дозволить економіка. Він пояснив, що українські природоохоронні норми дозволяють проводити дизельне паливо із змістом сірі більше 0,2%, але забороняють його продавати. Тому Херсонський НПЗ, що випускає дизель з 0,85% сери, домовився з Кременчуцьким і Лісичанськім НПЗ про можливість його переробки на незавантажених установках гідроочищення цих підприємств.
За наслідками роботи ОАО "Херсоннефтепереработка" в 2004 р. отримало прибуток до оподаткування в сумі 1901,6 тис грн, чистий прибуток - в 20 тис грн. Завод скоротив випуск бензину в 2005 р. порівняно з 2004 р. на 44,8% - до 121,6 тис т. Випуск дизпалива скоротився на 43% - до 245,9 тис т, мазуту - знизився на 46,8% - до 431,4 тис т. Об'єми переробки нафти знизилися в 2005 р. на 43,9% - до 875,8 тис т. Постачання нафті на підприємство знизилися на 67,8% - до 960,3 тис т.
ТОВ "НК "Альянс-Україна", якому належить 27,6% акцій заводу, управляє його виробничими потужностями. 60% акцій ОАО "Херсоннефтепереработка" належить ЗАТ "Торговий дім "Укрнефтепродукт", 99,9% якого володіє ЗАТ "Казахойл-Україна". З 2004 р. завод перейшов на російську сировину.